基因開(kāi)關(guān)在不同細(xì)胞生長(zhǎng)速率條件下的雙穩(wěn)態(tài)性
細(xì)胞命運(yùn)受基因表達(dá)、信號(hào)傳導(dǎo)、生長(zhǎng)環(huán)境等多種因素影響。由于缺乏對(duì)其全局、量化和理論層面的深入理解，了解和預(yù)測(cè)細(xì)胞命運(yùn)走向成為生物科學(xué)領(lǐng)域的一個(gè)挑戰(zhàn)。而近年發(fā)展起來(lái)的定量生物學(xué)及合成生物學(xué)，為應(yīng)對(duì)上述挑戰(zhàn)提供了新思路。
早在2000年，合成生物學(xué)先驅(qū)James Collins就構(gòu)建了“基因撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”基因線路。這種基因線路仿照了生物發(fā)育過(guò)程中廣泛存在的基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控邏輯，并用人工合成的方式進(jìn)行了重構(gòu)。該基因線路通過(guò)不同誘導(dǎo)劑的刺激，可以控制細(xì)胞狀態(tài)的切換，在撤走誘導(dǎo)劑后細(xì)胞能維持當(dāng)前狀態(tài)不變，就像雙向撥動(dòng)開(kāi)關(guān)一樣。
在細(xì)胞的生長(zhǎng)和分化過(guò)程中，細(xì)胞的分化導(dǎo)致其形態(tài)變化、功能特化，這一過(guò)程往往伴隨細(xì)胞生長(zhǎng)速率的變化，因此很難將細(xì)胞生長(zhǎng)速率作為單獨(dú)的變量，評(píng)估它對(duì)細(xì)胞命運(yùn)決定過(guò)程的影響。而人工合成的“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”基因線路的狀態(tài)切換并不影響細(xì)胞生長(zhǎng)速率，使得該基因線路恰好成為研究相關(guān)問(wèn)題的“利器”。
受細(xì)菌生理學(xué)研究工作的啟發(fā)，研究團(tuán)隊(duì)觀察了基因開(kāi)關(guān)在不同細(xì)胞生長(zhǎng)速率條件下的雙穩(wěn)態(tài)性。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，“基因開(kāi)關(guān)”的雙穩(wěn)態(tài)性與細(xì)胞生長(zhǎng)速率存在關(guān)聯(lián)。當(dāng)細(xì)胞生長(zhǎng)速率大于一定閾值時(shí)，“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”呈現(xiàn)雙穩(wěn)態(tài)性；當(dāng)細(xì)胞生長(zhǎng)速率小于一定閾值時(shí)，“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”的雙穩(wěn)態(tài)性出現(xiàn)了分岔。這表明在細(xì)胞命運(yùn)決定的過(guò)程中，生長(zhǎng)速率的變化可能引起基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定狀態(tài)變化，從而左右細(xì)胞命運(yùn)走向。
為了深入探究細(xì)胞生理狀態(tài)變化如何主導(dǎo)細(xì)胞命運(yùn)決定過(guò)程，科研團(tuán)隊(duì)定量表征了不同生長(zhǎng)狀態(tài)下“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”中兩個(gè)阻遏蛋白的表達(dá)水平，發(fā)現(xiàn)盡管兩者的表達(dá)水平總體呈現(xiàn)與細(xì)胞生長(zhǎng)速率負(fù)相關(guān)的趨勢(shì)，但表達(dá)速率的最大峰值以及相對(duì)變化值不同。利用數(shù)理模型，科研團(tuán)隊(duì)評(píng)估了這種不一致的生長(zhǎng)速率依賴的基因表達(dá)模式對(duì)“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”穩(wěn)定狀態(tài)的影響，并證明了基因表達(dá)的生長(zhǎng)速率依賴性給“撥動(dòng)開(kāi)關(guān)”的雙穩(wěn)態(tài)性帶來(lái)了分岔可能。
“細(xì)胞分裂后可以呈現(xiàn)不同的表型。該研究第一次將生長(zhǎng)速率與細(xì)胞命運(yùn)連接，為未來(lái)設(shè)計(jì)由生長(zhǎng)速率直接或間接控制細(xì)胞表型的研究提供了定量理論依據(jù)和實(shí)施方案。”香港浸會(huì)大學(xué)教授湯雷翰說(shuō)。
細(xì)胞的生命活動(dòng)過(guò)程是一個(gè)非平衡系統(tǒng)。那么，細(xì)胞命運(yùn)的決策是如何在變動(dòng)的環(huán)境下發(fā)生的？
科研團(tuán)隊(duì)通過(guò)擾動(dòng)細(xì)胞生長(zhǎng)速率來(lái)探究這一問(wèn)題。通過(guò)動(dòng)態(tài)改變培養(yǎng)基成分，研究人員實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞生長(zhǎng)速率切換，并實(shí)時(shí)追蹤細(xì)胞群體狀態(tài)。團(tuán)隊(duì)利用勢(shì)能景觀圖定量研究了不同生長(zhǎng)速率下基因表達(dá)的噪聲對(duì)細(xì)胞命運(yùn)決定的影響。
研究發(fā)現(xiàn)，當(dāng)細(xì)胞生長(zhǎng)速率較慢或者較快時(shí)，勢(shì)能景觀中兩個(gè)穩(wěn)定態(tài)之間的能壘較低，這意味著細(xì)胞更容易因噪聲而發(fā)生狀態(tài)切換。
通過(guò)細(xì)胞生長(zhǎng)擾動(dòng)實(shí)驗(yàn)，研究人員觀察到了兩種不同的細(xì)胞命運(yùn)決定方式：一是確定性機(jī)制，基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)態(tài)性質(zhì)變化會(huì)引起整個(gè)細(xì)胞群體發(fā)生狀態(tài)切換；二是通過(guò)噪聲驅(qū)動(dòng)，細(xì)胞群體在臨界點(diǎn)附近發(fā)生狀態(tài)跳轉(zhuǎn)，以控制部分群體發(fā)生狀態(tài)切換。
該研究充分運(yùn)用了定量合成生物學(xué)手段，通過(guò)數(shù)理模型分析和實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證闡明了雙穩(wěn)態(tài)基因線路中狀態(tài)選擇與生長(zhǎng)速率間的關(guān)系，為細(xì)胞命運(yùn)決定機(jī)制研究提供了新見(jiàn)解。同時(shí)，該研究指出了一種細(xì)胞生理狀態(tài)對(duì)合成基因線路影響的可能機(jī)制，可用于指導(dǎo)設(shè)計(jì)更加抗干擾、可預(yù)測(cè)的基因線路。
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